Agios Nikolaos fungerar som en central punkt till de cirka trettio små byar och små samhällen som utgör den delen av Lassithi.

Agios Nikolaos är en liten stad med en lång och fängslade historia. Vid samma läge där Agios Nikolaos idag ligger fanns ”Lato pros Kamara” förr; hamnen som tillhör staden ”Lato pros Etera”. En stad som blomstrade i arkaiska, klassiska och romerska tider. Staden hade egen valuta och dess hamn spelade en nyckelroll i dåtidens kommersiella verksamhet. Mer specifikt var hamnens bästa år någonstans runt 800-700 f.Kr. när den hade kontroll över hela området. Enligt uppgifter börjar Agios Nikolaos historia efter det bysantinska rikets fall (1204) när Kreta såldes till Venetianerna. Men kort före Venetianernas etablering på ön härjades det kretanska landet av sjörövare från Genua. 1206 bygger Enrico Pescatore en imponerade fästning uppe på en stor kulle med utsikt över viken. På grund av dess spektakulära utsikt fick fästningen namnet ”Mirabello” som betyder ”fin utsikt”. Detta namn har spelat en viktig roll och namnet Mirabello används än idag för hela området. Några år senare plundrades fästningen av ottomanerna.

Agios Nikolaos hamn har spelat en betydande roll även efter den venetianska tiden. Hela staden överlevde och blomstrade tack vare hamnens rykte, som dessutom gynnade turistutvecklingen i Agios Nikolaos. I början av 1960-talet byggdes det första lyxhotellet, ”Minos Beach” i centrum och kännetecknade början på turistutvecklingen. Det bör noteras att Agios Nikolaos är Kretas första region som har gått igenom en sådan utveckling. Öns västra sida kommer näst.

En ny historisk period börjar. 1960-talet byggs hotellet ”Ariadni” samt ”Mirabello Beach” och ”Elounda Beach” som är verksamma fram till idag. 1970-talet byggs hotellen Coral, Ermis och Rea (numera Mistral) i centrum av Agios Nikolaos. Hotellen uppfyller moderna standarder och erbjuder en lyxig vistelse. 1980-talet kännetecknas en ännu större tillväxt i Agios Nikolaos och större hotellenheter byggs både i och runt om staden. Samtidigt utvecklas Elounda som, med sina lyxiga hotell, utvecklar ett rykte som gör området känt i hela världen. Turistutvecklingen i Sisi och Kalo Chorio skedde i slutet av 1980-talet.

I samband med kommunens turistutveckling, år 1980, grundades Högskolan för Professioner inom Turistbranschen (ASTEK) som fortfarande finns i Agios Nikolaos och lockar flera studenter från hela Grekland. Idag har turismen, och särskilt alternativa former av turism, snabbt utvecklats i kommunen.